1. Альтернативные двухспиральные структуры ДНК. Параметры B-, A- и Z-форм ДНК.
2. Репарация ошибок (mismutch). Роль палиндрома GATC
3. Метод линкеров. Самокомплементарные, адапторные и дополняющию линкеры
Список использованных источников
1. Альтернативные двухспиральные структуры ДНК. Параметры B-, A- и Z-форм ДНК.
Рассмотренную структуру ДНК обычно считают одним из несомненных фактов молекулярной биологии. Но недавно стало очевидным, что некоторые параметры классической В-формы нужно пересмотреть и даже что ДНК может образовывать другие типы двуспиральных структур.
Проблема определения точных значений параметров двойной спирали связана с тем, что все первоначальные значения были получены при изучении дифракции рентгеновских лучей на волокнах ДНК. По этим данным установлены основные характеристики, такие, как число пар оснований на виток, расстояние между соседними парами вдоль оси спирали. Однако этим методом нельзя определить положения отдельных атомов, как это делают, используя рентгеноструктурный анализ. Поэтому модель уточняют, согласуя расчетную картину дифракции рентгеновских лучей с экспериментальными данными. Теоретически на основе одних и тех же данных всегда можно построить разные модели. Дело в том, что модель удовлетворяет усредненным данным и, следовательно, в определенных областях структуры возможны вариации. Например, до сих пор говорили о ДНК как о длинной, жесткой двойной спирали, но мы знаем, что в действительности она должна быть свернута и плотно уложена, для того чтобы уместиться в клетке. При этом детали ее структуры могут изменяться.
2. Репарация ошибок (mismutch). Роль палиндрома GATC
Система, осуществляющая репарацию ошибочно спаренных нуклеотидов (mismatch repair), выполняет в клетке несколько важных функций: исправляет ошибки репликации ДНК, меняя ошибочно включенные нуклеотиды; участвует в процессинге промежуточных продуктов рекомбинации, приводящих к образованию новых сочетаний генетических маркеров; обеспечивает рекомбинацию между дивергировавшими последовательностями гомологичных ДНК, а также задержку клеточного цикла в ответ на повреждения ДНК.
Система репарации ошибочно спаренных нуклеотидов у E. coli, использующая белки MutHLS, распознает и репарирует все некомплементарные пары оснований за исключением C-C. Кроме того, эта система репарирует небольшие вставки в одну из цепей ДНК, образующиеся в результате ошибок репликации, длина которых не превышает четырех нуклеотидов.
Обычно у E. coli ДНК метилирована Dam-метилазой по сайтам GATC. Однако после завершения репликации дочерняя цепь ДНК некоторое время
3. Метод линкеров. Самокомплементарные, адапторные и дополняющию линкеры
В ситуации, когда необходимо сшить фрагменты, образованные разными эндонуклеазами рестрикции, и имеющие разные, то есть некомплементарные друг другу липкие концы, применяют так называемые линкеры (или "переходники"). Линкеры - это химически синтезированные олигонуклеотиды, представляющие собой сайты рестрикции или их комбинацию. Впервые эту идею предложил Шеллер с сотрудниками в 1977 году.
Линкер — linker линкер. Kороткая двухцепочечная молекула ДНК, содержащая какой- либо сайт рестрикции; используются в генной инженерии для соединения векторной плазмиды <vector> и клонируемой последовательности ДНК, к концам которой по методу сшивания тупых концов присоединены линкеры.
Существуют большие наборы таких генных "переходников". Естественно, что при использовании линкеров должна учитываться необходимость соблюдения правил экспрессии генетической информации. Часто в середину линкера помещают какой-либо регуляторный генетический
1. Генетическая инженерия / под ред. А. А. Баева, ч. 1-2. - М., 1979-80. 456 с.
2. Бокуть С.Б. Молекулярная биология: молекулярные механизмы хранения, воспроизведения и реализации генетической информации [Текст]: учеб.пособие /С.Б. Бокуть, Н.В. Герасимович, А.А. Милютин. – Мн.: Высш.школа. 2005. – 463с.
3. Сингер М. Гены и геномы [Текст]: / М. Сингер, П. Берг. – В 2-х т. Т.2. Пер. с англ. М.: Мир, 1998. – 391с. –
4. Структура и свойства биополимеров: краткий курс лекций для аспирантов направления подготовки 06.06.01 Биологические науки (профиль подготовки – Биохимия) / Сост.: Б.И. Древко, П.В. Смутнев // ФГБОУ ВПО «Саратовский ГАУ». – Саратов, 2014. – 77 с.